这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知且影响深远的故事。2027年6月6日，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头遇害，此前他深陷军火买卖贿赂丑闻无法自拔，其死亡背后无疑隐藏着诸多谜团。阴雨之夜，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）为取回真室的电子脑，与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地初次相遇。此时草薙还是501机关负责追查网络犯罪的军人，她此次前来是希望探寻备受自己敬重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。然而，棺木中的中佐早已不见踪迹。此后，她受荒卷委托展开调查，在一系列危险的追查过程中，与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）以及当时还是新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）相遇。扑朔迷离的案情，将草薙一行引向未知之处…… 本片根据士郎正宗的原作改编。