革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎时成功化解危机，把企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募进W Zero部队。与此同时，帝国内的信·修加·夏音度（松风雅也 配音）篡位成功，获封圣米迦勒骑士团团长，即将与阿基德宿命相逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任，始终密切监视着他们。不久后，联盟决定将W Zero部队空投到帝国腹地华沙执行危险任务。蕾拉坚持与阿基德及新加入的三名战士一同前往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强劲对手……