未来世界，感染X病毒的恶魔党带着威力强大的赤盾现身地球各处。短短七天，地球一半领土就宣告沦陷。人们背井离乡，只能在最后的保留地勉强生存。国际科学技术厅（ISO）的南部博士发现，一种神秘石头能让特定人群获得强大力量，而经过力量提升的超级战士正是对抗恶魔党的最佳人选。此后，鹫尾健、大月纯、大月甚平、中西龙等人被ISO发掘，历经一系列常人难以承受的特训后，成为对抗恶魔党的科学忍者队战士。一次战斗后，健的老友浅仓乔治加入队伍。他们奉命保护从恶魔党逃亡而来的头目伊利亚，以获取Last Suicide计划的详情。面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄然发生了变化……