进入正化年间（始于1989年），为改变混乱堕落的社会风气，日本政府颁布《媒体良化法》，并成立特殊部门对所有可能影响人们身心健康的书籍进行查封和销毁。然而，与此同时，言论自由也遭到了粗暴的遏制与打压。为捍卫自由思想，“图书馆自卫组织图书队”应运而生，许多队员为保护书籍拿起武器，甚至献出生命。高中时代曾被称作“王子大人”的图书队员相助，热血女孩笠原郁决心加入图书队。但负责训练她的二等图书正堂上笃似乎总故意刁难笠原，不过女孩仍凭借自身努力成为一名图书特殊部队成员。此后，笠原与堂上教官、同期队员手冢光的友情和信任逐渐加深。不久后，左右言论自由的重大事件来临，图书队和媒体良化队宿命般的战争就此拉开帷幕…… 本片根据有川浩的“图书馆系列”第一部改编。