魔法少女怀着帮助他人的信念而诞生，却不得不背负残酷的命运。在接连不断的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）耗尽了自己的生命。当晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）将她的尸体带回时，好友鹿目圆（悠木碧 配音）陷入了前所未有的悲伤与痛苦之中。从丘比（加藤英美里 配音）那里得知魔法少女的宿命后，小圆受到了极大的触动。在杏子的提议下，小圆决定拯救沙耶加，而她们即将遭遇最强的魔女之夜（水桥香织 配音）。关于魔女的未来与生命，她们踏上了一条危机四伏的道路…… 本片是魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新剪辑而成。