《恋离飞翼》剧情紧接《虚空歌姬》，时间大概在第一部完结后1个月，讲述了主人公早乙女阿尔特等人与不明宇宙生物“Vajra”的最后战役。对于不少粉丝不满的“双飞”恋情，本作也将给出结局。阿尔特要在两位女主角——雪莉露·诺姆和兰卡之间做出抉择。《剧场版 Macross F》制作之初就打算做成上下两部，这部剧场动画也是《Macross F》整个故事的完结篇。 西历2059年，计划寻找新天地的银河移民船团“macross frontier”上，立志成为驾驶员的少年早乙女阿尔特感到前所未有的压抑。此时，来自银河顶端的歌姬雪莉露·诺姆来到船团举办巡回演唱会，阿尔特和憧憬雪莉露的少女兰花·李都前往了会场。 然而演唱会期间，突然遭遇重机架生命体的袭击。为保护少女们，阿尔特登上了最新型可变战斗机VF - 25。