《庚子风云》的故事背景设定在公元1900年，即中国农历庚子年。这一年，八国联军攻占北京并占领紫禁城，皇太后慈禧为躲避灾祸，带着光绪帝、大阿哥等人匆忙逃离皇宫，前往西安，最终又安全回宫。 在临行前，慈禧太后因政治立场的仇恨，将光绪皇帝深爱的珍妃推入井中杀害。当慈禧太后历经艰难抵达古都西安时，意外发现当地戏班的花魁白牡丹与珍妃长得极为相似。白牡丹本名叫斯琴，她与一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着前世姻缘。陈然在慈禧太后等人西行逃难至西安的途中，给予了他们很大的帮助。此外，白牡丹和陕西巡抚韩雨轩也有着千丝万缕的联系。