在宁静的小山村，少女渡濑明日菜常站在山顶，用父亲留下的神秘矿石歌薇丝作二极管，收听外界音乐。一次放学，她遭怪兽袭击，被俊美少年瞬救下，两人结下纯洁友谊，然而瞬却悄然离世。新来的男老师森崎龙司给孩子们讲述死国传说，明日菜这才知道瞬来自另一个世界雅戈泰。 放学后，明日菜到森崎老师家了解雅戈泰。原来老师妻子早逝，他真实身份是某神秘组织士兵，给明日菜讲了地下世界之事。晚上回家途中，明日菜遇到咪咪，追它时碰到和瞬很像的男孩。他们遭蒙面士兵袭击，躲进岩洞仍被找到。士兵摘头盔，竟是森崎老师，男孩自称瞬的弟弟心，拿走明日菜的歌薇丝离开。 明日菜决定和森崎老师深入雅戈泰寻找复活秘密，二人跟随谢库纳·威玛纳前行，风餐露宿。村里长老命令心赶走明日菜他们并拿回歌薇丝，心剪掉头发骑马出发。一个雨夜，老师回忆因打仗没见到妻子最后一面。夜里，睡着的明日菜被夷人抬走，醒来在废弃古堡，看到一个不会说话的孩子哭泣，夷人攻击时，心出现救了她们，老师也在咪咪带领下找到昏迷的他们。 他们带着受伤的心和小女孩到小村子，因小女孩是长老孙女，长老让他们住一晚并解释关闭雅戈泰的原因。次日，明日菜和老师坐船离开，咪咪不愿同行。心醒来发现咪咪死了，小女孩把咪咪交给亚得利科。心看到有人追向生死门，明白是去杀明日菜，便骑马追去。那群人要杀明日菜时，心赶到战斗，明日菜他们逃走。 明日菜他们到了菲尼斯·特拉，生死门所在的悬崖边。老师爬下悬崖，明日菜害怕放弃，沿原路返回，走水路躲避夷族袭击。那群人打败心后离开。回去路上，明日菜意识到自己是因寂寞来到雅戈泰。夜晚，无水处夷族围攻她，心出现救了她。天亮后，他们看到谢库纳·威玛纳往生死门方向去，在克查尔特帮助下到达“查尔特的墓场”，老师也赶到。歌薇丝亮了，谢库纳·威玛纳出现，老师希望妻子丽莎复活。丽莎灵魂出现，但要完全复活需肉体，明日菜出现，丽莎灵魂进入其体内，谢库纳·威玛纳夺走老师一只眼睛。心为救明日菜戳碎歌薇丝，明日菜变了回来。