被人类利用基因技术克隆出来的超梦（市村正亲 配音），对自身身份充满疑惑，且对强大的人类满怀愤怒，于是它逃离了科研所，并宣称要向制造自己的人类复仇。 已获得八枚勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标持续旅行。他带着皮卡丘（大谷育江 配音）以及同伴小霞（饭冢雅弓 配音）、小刚（上田佑司 配音），刚结束与训练家的对战，便收到一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强小精灵训练家的宴会，地点是新岛宠物小精灵城。面对最强训练家的邀请，他们欣然答应。小智一行人穿越狂风暴雨的海岸，终于抵达新岛。一位名为乔伊的医生引领他们来到宠物小精灵城，并介绍最强的小精灵训练家登场。令人意想不到的是，出现在众人面前的竟是超梦。超梦的报复行动究竟是什么？一场大战一触即发……