早在15000年前的人类文明之前，地球上的高智能哥斯麽族就被两只巨型昆虫怪物——摩斯拉和巴特拉毁灭。一次山崩后，如今日本的伊房岛发掘出了埋藏在地下的摩斯拉巨蛋。随后，史上最强大的三只怪兽——哥斯拉、摩斯拉和巴特拉展开对决。尽管大怪兽摩斯拉和巴特拉联手成功将哥斯拉封印在了海中，但人类的危机并未解除，因为一颗超巨大的陨石即将撞击地球。