美国深海勘查潜艇“赛任1号”在执行例行任务时不幸失事。当局指令潜艇设计师（主人公）组建一支由军人和各类科学家组成的小队，搭乘另一艘同型号的潜艇“赛任2号”下海救援“赛任1号”。小队成员中有两名女性，其中一位是潜艇设计师的前妻。 救援的线索是“赛任1号”上的一只“黑匣子”。救援队依据此线索潜航至一处极为隐蔽的海沟。途中，这艘黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包裹，艇长采用电击法驱走了这个怪物。三名潜水员出艇进行勘查，发现此处的海藻发生了变异，大得超乎想象。一名潜水员遭到隐藏在海藻林间的异形生物突袭而丧生，另外两名生还者采集了一些变异海藻后返回潜艇。 为躲避变异生物的袭击，潜艇驶入海沟内部探险，结果发现海沟最底部有一个巨大的空洞。潜艇浮出水面，艇员们身着类似宇航服的特种防护衣进入这个幽深的洞穴，发现洞内竟有人工开凿的痕迹，到处都是变异生物，有的类似巨型蜜蜂，有的类似海蛇和恐龙……