1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集。影片接着第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的情节展开，她产下一枚蝇蛹后当场被吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 饰）抚养。巴托先生表面上对马丁关怀备至，视如己出，实际上却密切监视他的一举一动，还暗中用摄像机记录他的生活点滴，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁外表英俊潇洒，和正常人无异，只是生长速度惊人，且天资聪慧。不久后，马丁与美丽的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 饰）坠入爱河。然而，隐藏在他体内的变异染色体突然觉醒，马丁即将面临变成下一个“苍蝇人”的可怕命运。