G-Force制定了新的对抗哥斯拉方法，名为T计划。该计划由大久保博士提出，具体内容是利用心灵感应控制哥斯拉，再借助新发明的能够分开攻击的新莫基拉将其消灭。与此同时，一只和哥斯拉一样拥有G细胞的宇宙怪兽太空哥斯拉正从太空飞来，准备袭击地球。原来，在1992年摩斯拉一役后，摩斯拉飞向太空时将G细胞一同带往了太空，这些G细胞与一些不知名物质结合后，便形成了太空哥斯拉。人类究竟能否逃过哥斯拉和太空哥斯拉带来的危机呢……