从前，天主教信徒曾为躲避迫害而隐居的九十九岛，随着夏天的到来，迎来了沙丁鱼的渔期。其中的虹之岛，天主教的黑村与佛教的白村至今仍激烈对立。双亲去世后，与弟弟五郎相依为命的黑村贫穷渔夫青年松谷三吉，在与白村网元新兵卫的独生女菊江密会时被抓，这使得两村的对立终于爆发。年轻人们的混战甚至让驻在的三松巡查被石头砸到昏厥。此后，两村加强了警戒，三吉也被竹内神父要求与菊江断绝关系。另一方面，菊江也被白村的得力青年和田雄次逼迫结婚，但相爱的两人在五郎的帮助下，仍偷偷见面。三吉想在这次沙丁鱼捕捞中首次以船头头的身份展现自己的本事，让菊江的父亲重新考虑。有一天，黑村大藏的女儿、脱衣舞女玛丽子从东京回来。暗自爱慕三吉的她得知三吉和菊江的关系后，心里很不是滋味。竹内神父被三吉的热情打动，打算对水火不容的新兵卫……