漁業飛行員月岡和小林在無人島的石洞，目擊到哥斯拉正與一隻背面長著長刺的怪獸激戰。回到大阪後，他們馬上向上報告，隨即對策本部成立。經調查，那隻長刺怪獸叫「安基拉斯」，它和哥斯拉一樣，因氫彈試驗而蘇醒。在沒有有效兵器對抗哥斯拉的情況下，山根博士建議用燈光誘導怪獸回海。於是大阪實施燈火管制，大阪灣出現哥斯拉，防衛隊在灣外發射照明彈誘導。然而，有幾名囚犯趁疏散逃獄，搶了運油車。為躲避警方追捕，他們在大阪市瘋狂駕車，因車速過快，運油車失控撞進工廠，引發大爆炸和火災，這吸引哥斯拉向大阪上陸。哥斯拉大肆破壞大阪的建築物，隨後在大阪城與安基拉斯展開死斗，最終哥斯拉咬死安基拉斯，並用放射火焰將其火化，隨後回到海中消失。轉了公司前往北海道的月岡，在那裡與昔日戰友重逢。此時，曾在大阪消失的哥斯拉在北海道海上再次現身，還在神子島上陸，轟炸機……