2125年，由于人口爆炸至一百来亿，为寻找新的能源，太阳系开发机构决定推进“木星太阳化计划”，并定于2140年实现。此时，驻扎在前线基地“米涅瓦”的计划主任本田英二（三浦友和）与失联多年的恋人马利亚重逢。然而，他并不知道玛丽亚是旨在破坏该计划的极端环保组织“木星教团”的破坏小组组长。 在宇宙语言学家威廉姆的协助下，英二搭乘木星探查艇“翡翠三号（JADE－III）”探访了数万年前来访的宇宙人飞船“木星之魂”。 与此同时，英二的朋友飞行员之王（PILOT KING）和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难，调查发现是遭遇黑洞所致。太阳系面临被黑洞吞噬的危机。 解决危机的唯一办法是通过引爆木星来改变黑洞的轨道（剧组为这个问题投入大量精力，甚至运用计算机进行考证和计算）。当英二与基地人员齐心协力挽救太阳系时，玛利亚带人闯入了基地。