《魍魉之匣》改编自京极夏彦百鬼夜行系列的第二部作品。榎木津礼二郎（阿部宽 饰）经营着一家侦探事务所。一天，前电影明星柚木阳子（黑木瞳 饰）找上门来，委托他调查自己14岁女儿加菜子（寺岛咲 饰）失踪一事。作家关口巽（椎名桔平 饰）和记者鸟口守彦（Magy 饰）对近期发生的美少女被肢解杀人案件兴趣浓厚，两人一同前往现场追查线索，却在途中迷路，意外闯入了一栋外形奇特的盒状建筑物。负责侦破连续杀人案的青木警官（堀部圭亮 饰）所乘坐的列车上，加菜子被撞下了车并被紧急送往医院。刑警木场修（宫迫博之 饰）拖着疲惫的身躯接手此案，却惊觉加菜子的母亲正是自己暗恋多年的阳子。然而不久后，运送加菜子的救护车以及随行车辆竟在匣馆的领地内神秘消失。消失的少女、相模湖分尸杀人案、执着追查案件的木场和关口，还有那如同盒子般怪异的建筑物，究竟是什么将这一切串联在一起？魍魉，真的仅仅存在于人心之中吗？