三原火山爆发，将沉睡的哥斯拉唤醒。为补充能源，哥斯拉先后对一艘日本渔船和苏联的潜航舰发动袭击。日本政府反对使用核武，担心会使无辜市民死伤。于是，日本出动超级火战机与哥斯拉正面交锋。与此同时，林田博士发现哥斯拉会受一种电波影响，并会随电波归巢。于是计划让哥斯拉跟随电波掉进火山口，进而将其歼灭。