由于第二代罗宾（Jason）离世，布鲁斯·韦恩从英雄工作中隐退，蝙蝠侠在哥谭市消失了十余年。然而，一系列治安问题接踵而至：变种人（the Mutant）青少年武装团体现身，双面人（Two-Face）哈维·丹特（Harvey Dent）和小丑（Joker）越狱。这让年逾五十的他压抑不住内心渴望，再度化身为蝙蝠侠重出江湖。他与新任罗宾——13岁少女卡莉·凯利（Carrie Kelley）以及老搭档戈登（James Gordon）一起，面对坏人的种种诡计，还要应对市民的质疑与不信任。 与此同时，美国正遭受苏联的核武威胁。超人克拉克·肯特（Clark Kent）站在听从官方命令的一方，与蝙蝠侠立场对立。因此，蝙蝠侠必须面对来自同为超级英雄伙伴的敌对状况，以衰老却坚定的心智对抗这位近乎无敌的“上帝之子”。 故事结尾，变种人青少年集团因首领被击败而转而支持蝙蝠侠，双面人哈维·丹特被打败，小丑在游乐场被蝙蝠侠重伤脊椎后死亡。因立场分歧，超人不得不与蝙蝠侠展开大战。最终，蝙蝠侠服用可使人进入假死状态的药物掩人耳目，阿尔弗雷德（Alfred）烧毁了韦恩的住宅和蝙蝠洞里所有与蝙蝠侠有关的资料，而布鲁斯提领了银行里的全部存款。他教导前变种人集团的青少年组成义务警备队，继续维护哥谭市的和平。而阿尔弗雷德在烧毁韦恩住宅后中风离世。