为救神谷薰 （ 武井咲 饰），绯村剑心 （ 佐藤健 饰）跳入大海，昏迷后漂至一座小岛，被传授他飞天御剑流的师父比古清十郎 （ 福山雅治 饰）救下。剑心深感自己与志志雄真实 （ 藤原龙也 饰）差距巨大，为拯救全日本，他恳请师傅传授飞天御剑流最高奥义。此时，志志雄剑指东京，开启武力夺国下一步，他逼迫伊藤博文 （ 小泽征悦 饰）发布对刽子手拔刀斋的全国通缉令。得知消息后，薰、左之助 （ 青木崇高 饰）急忙赶往东京。重新上路的剑心先遭遇御庭番众首领四乃森苍紫 （ 伊势谷友介 饰）的阻拦，他一路奋勇前行，即将迎来与宿命对手志志雄的最终对决。