美国政府在南太平洋1000英尺的海底，发现一艘有着300年历史的神秘太空船。随后，一组顶尖科学小组应召前往当地展开调查，小组成员包括心理学家诺曼·古德曼（达斯汀·霍夫曼 饰）、生物化学家伊丽莎白·贝丝·哈尔佩林（莎朗·斯通 饰）以及数学家哈里·亚当斯（塞缪尔·杰克逊 饰），他们携手探究沉没在深海的神秘巨大物体。科学小组借助高科技实验艇深入海底探测，进入太空船后，发现上面有“2048年美国制造”的字样，证实这是一艘曾进行时空旅行来到此地的未来太空船。船内有一个巨大且怪异的球状体，小组成员先后进入球状体后，都出现了诡异反应和幻象。此时，一个不明海底生物开始攻击实验艇，致使小组与地面失去联络，各种惊骇乱象接连发生。