《白玫瑰在行动》的故事背景设定在第二次世界大战期间。德国慕尼黑玛克西米利安大学的学生索菲等人，为了推翻法西斯统治、尽早结束战争，成立了名为“白玫瑰”的抵抗组织。他们通过印刷并散发传单的方式，呼吁德国民众起来反抗纳粹，还进行了各种破坏行动。随着时间推移，“白玫瑰”小组的影响力逐渐扩大，赢得了众多学生的支持。然而，盖世太保不会坐视这支“白玫瑰”继续发展壮大。