1999年，一艘外星宇宙战舰坠落在地球。人类花费十年时间将其修复，并命名为“MACROSS”。2009年，MACROSS要塞正在举办偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报拉响，要塞开始变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶变形战机救下一名少女，战机因速度过快撞进外层舱室。安定下来后，辉发现救下的少女竟是林明美。两人相识后，为博明美开心，辉偷开教练机带她去兜风。此时敌人突然出现，好在朋友及时挺身而出相助。经过一番混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）苏醒过来，发现身处一个荒芜的星球。他们了解到，五十万年前，一个名为“普罗多”的古代文明发展至鼎盛，已能通过遗传密码进行无性繁殖，随后国家分裂成由男性组成的“杰特拉帝”和由女性组成的“赫而特兰帝”，双方展开了长达数万年的战争。在战争过程中，文明急剧衰落，曾经辉煌的文化被彻底遗忘，该种族退化成了只知战斗的群体。