故事背景设定在巴西的亚马逊丛林。阿曼达兄妹和薇拉包下了船长勒贝克的船，让他带领众人去寻找失踪的考古学家——阿曼达的父亲内森。薇拉是雇佣内森的公司代表，她和兄妹俩之间存在芥蒂。不过，两组人之间的紧张关系，和他们在丛林中面临的威胁比起来，根本不值一提，他们要应对当地野生动物和神秘丛林神祇带来的危险。依据内森日记的线索，一行人前往传说中的“桑赛伊达”，找到了守护丛林的绿宝石“丛林之心”。最终，薇拉不幸牺牲，阿曼达父女三人成功脱离险境，并且告诫世人要敬畏这片土地。影片剧情惊险刺激，阿曼达和薇拉在丛林里遭遇了诸多危险，像毒箭蛙、食人鱼、巨蟒、蜘蛛，甚至还碰到了敌对部落。《神秘奇航》是一部充满冒险与惊喜的电影，它展现了人类的勇气、决心以及对未知的探索精神，同时也对生态破坏问题发出了警示。