颇具讽刺意味的是，假面骑士灭亡迅雷再度沦为人类的敌人。 哉亚日本公司爆发了大规模爆炸事件，而这起事件的罪魁祸首居然是灭亡迅雷站。在新闻发布会上，面对记者的质问，刃唯阿表示暂时不会做出任何回应。上级的压力也接踵而至，假面骑士巴尔坎（不破谏）与假面骑士瓦尔基里（刃唯阿）必须做出抉择。 理解人类和修码吉亚双方立场的不破谏与刃唯阿，都有着各自坚守的信念。他们是要为守护所有生命而战，还是要为自己的准则而战？ 他们与假面骑士灭亡迅雷之间的战斗最终会有怎样的结果——！？