1907年，在曼哈顿69号码头，从法国驶来的大型轮船帕尔赛佛涅号缓缓驶入港口，船上皆是最高级别的贵族。著名女高音克里斯汀·戴伊和她的丈夫劳尔以及10岁的儿子古斯塔夫一同乘船抵达。此次，克里斯汀应邀将在科尼岛新开业的歌剧院进行首演。 随着剧情发展，人们发现新歌剧院的主人竟是上集结尾消失不见的“魅影”。上集中的芭蕾舞教师吉瑞夫人和她的女儿梅格小姐，当年成功协助“魅影”从巴黎歌剧院地下湖逃脱，辗转来到了美国。梅格在“魅影”的悉心教导下，也成为了一名女高音歌唱家。她满心以为新歌剧院开业时，第一个登上舞台演唱的会是自己。然而，克里斯汀的到来让她的梦想破灭。 “魅影”对10年前与克里斯汀的旧情难以忘怀，甚至发现了克里斯汀儿子出生的秘密。新歌剧是专门为克里斯汀量身打造的。首演当晚，克里斯汀站在舞台中央，唱起了“魅影”为她创作的主题曲《爱是慢慢成熟的》。梅格因未得到“魅影”的青睐，失望之下带走了古斯塔夫。 首演取得了巨大的成功，回到化妆间的克里斯汀看到桌上有一朵娇艳的红玫瑰，她明白这一切都是“魅影”的安排。发现孩子不见后，克里斯汀发疯似的四处寻找。梅格来到码头，内心混乱痛苦，她想拉着孩子一起跳海。“魅影”、克里斯汀和吉瑞夫人赶到现场，梅格掏出手枪对准“魅影”，悲伤地控诉他的无情。将古斯塔夫还给克里斯汀后，梅格准备举枪自尽，“魅影”极力劝她保持理智，但最后因提到克里斯汀，梅格再度失控，失手打死了克里斯汀。“魅影”扑到克里斯汀身旁，深情地抚摸着心爱之人的脸庞。古斯塔夫仿佛瞬间长大了，他走到“魅影”身边跪下，轻轻摘下“魅影”的面具，久久凝视着自己“父亲”的眼睛……