PRODUCE 101 JAPAN SEASON 2的主题为「Let Me Fly - 君の想いがツバサになる - 」。报名条件为：在2020年12月6日前完成义务教育，年满16岁至27岁的男性，需居住在日本，报名时未加入其他制作公司且未签约，并且在甄选合格后能于2021年2月至6月左右参加集训。报名时间从11月4日起至12月6日止。选拔流程为，先进行第1次审查（在线审查），第二次审查（会场审查）于2021年1月开展个别面试，选手需现场表演歌唱、舞蹈、说唱等。最终合格者有101人，其中11人将作为成员出道。此次导师除青山テルマ、KEN THE 390、DA PUMP成员KENZO外，第一季的仲宗根梨乃和菅井秀憲也会继续参与，国民producer则依旧由搞笑组合NINETY - NINE担任。