独臂神尼临终前嘱托徒弟吕四娘下山完成两件事：清理门户和反清复明。唐晓兰、冯瑛受吕四娘所托前往吕家保护吕父以及反清头领沈在欢，途中遇到唐晓兰的师父杨颂芙，得知年羹尧和保国禅师（即了恩）已擒获吕父和沈在欢并押往京城。同时，了恩还困住了水上首领余鹤，杨颂芙父女于是跟踪年羹尧前往京城。唐晓兰、冯瑛暗中跟踪了恩时巧遇吕四娘，三人共同商议救人之计。吕四娘扮作新翁巡抚大人的儿媳，挟持其子，救走了余鹤等人。随后三人寻得拘押吕父和沈在欢的地方，与了恩对峙，情况危急，吕父为减轻吕四娘的负担自尽，吕四娘伤心失神之时，了恩等人挟持沈在欢继续上京。 皇上宠爱琳贵人，可琳贵人钟情于年羹尧，年羹尧只是利用琳贵人来加官晋爵。皇上对沈在欢施以怀柔与高压手段均无效，吕四娘三人营救沈在欢失败后逃到琳贵人住处，原来琳贵人是冯瑛失散多年的妹妹。琳贵人利用皇上赏赐的玉佩救出沈在欢等人，吕四娘一行五人通过秘道前往年羹尧住处，琳贵人要求年羹尧“送”他们离开，可惜门外有了恩把守，众人展开激烈打斗。吕四娘最终亲手杀掉了恩，完成了师父的第一个嘱托并为父报仇。 吕四娘奉独臂神尼临终之命反清复明、清理门户，下山追杀背叛师门投靠朝廷的大师兄了恩和尚，天山弟子唐晓澜和冯瑛拔刀相助。唐晓澜、冯瑛探知 了恩擒获反清首领沈在宽和吕四娘的父亲，急忙与吕四娘赶去营救。吕四娘的父亲宁死不屈自尽身亡，了恩趁乱挟持沈在宽上京，雍正将沈在宽囚禁于天牢。吕四娘等人闯入皇宫，巧遇雍正宠妃琳贵人，发现她正是冯瑛自小失散的妹妹。琳贵人得知身世后，协助众人将沈在宽救出天牢。众人正要逃离皇宫时，了恩追来，双方展开恶战，吕四娘最终亲手杀死了恩。 雍正震怒，责备年羹尧保护了恩不力，派兵四处歼灭反清势力，众多江湖人物因此遇害。吕四娘等人决心杀死雍正，冯瑛独自闯入皇宫行事，失手被擒，雍正垂涎冯瑛美色，冯瑛不从。幸亏唐晓澜以雍正弑父夺位的秘密相威胁，冯瑛安然获释，唐晓澜却误中雍正诡计饮下毒酒。吕四娘等人去寻访武林英雄共同谋划反清大计，却惊闻留守京城的沈在宽遭雍正捕杀。吕四娘悲痛欲绝，突然看到沈在宽再次出现，才知道清兵误杀了貌似沈在宽的堂弟。唐晓澜病危，沈在宽诊断后发现唐晓澜并未中毒，认定是雍正设计恐吓唐晓澜。唐晓澜很快痊愈，与吕四娘、冯瑛和冯琳三位女侠闯入皇宫，雍正最终命丧吕四娘剑下。