地球上出现大批儿童下落不明的情况，这引发了社会的极度恐慌。相关组织积极开展调查，却毫无收获。就在大家都无计可施的时候，神秘组织“天安基金会”出现了，他们派出马天马和李昂秘密调查此事。这两人成功破获了多起儿童失踪案，维护了社会安宁。然而，他们没想到这只是外星生物组织“安妮会”邪恶计划的开端。“安妮会”的最终目的是打开异次元虫洞，召唤出强大的外星生物“瓦苏恩”，并协助其攻占地球。为了粉碎外星物种的侵略计划，马天马决定深入敌方老巢——“魔方城”。和多数以“打开未知世界探索秘密”为主线的科幻影片不同，《猎杀外星人》在现实世界与幻境中直面种种“不美好”，勇于揭露阴暗欲望。影片把故事背景设定在千万年后的未来世界，尽管时光流转、时代变迁，但即便在遥远的未来，人性依旧，黑暗尚存，欲望更甚。隐藏于地球的外星生物组织“安妮会”代表着企图摧毁世界的黑暗势力……