自黑船事件过去十余年，闭关锁国的德川幕府面临着剧烈变革。倒幕志士纷纷崛起，幕府派则加紧打压，局势动荡不安。少年剑客绯村剑心为了开创万民自由的新时代，加入长州藩倒幕军团首领桂小五郎麾下，逐渐成为铲除阻碍倒幕之人的先锋。刽子手拔刀斋的名号迅速在京都传开，而他某次意外杀死的下级武士，在他脸颊上留下了一道无法磨灭的伤疤。不久后，剑心遇见了忧郁寡言的女孩雪代巴。巴来到倒幕志士聚集的地方帮佣，在相处中，她让一直神经紧绷的剑心得以放松。然而，被命运和时代捉弄的两人，等待他们的似乎只有永恒的悲剧…… 本片改编自和月伸宏的同名漫画。