某天，冲绳的海域出现了一种奇怪生物。这种让人联想到鬼海星的“家伙”用毒液弄伤了渔民，转眼间便在日本全境扩散开来。原来，这是传说中“ニライカナイ”古代文明为解决环境污染而创造的生物净化系统，但因失控，成为导致“ニライカナイ”灭亡的原因之一的怪兽“ダガーラ”即将复活的前兆。 エリアス姐妹察觉到地球面临危机，便飞往石垣岛。在那里，来自“ニライカナイ”的小生物“ゴーゴ”现身了。同时，一群从本土来的、从“ゴーゴ”尾巴装饰环上猜到有宝物的偷猎者，以及保护“ゴーゴ”的当地少女们也在。エリアス姐妹知晓“ニライカナイ”遗迹中有能打倒“ダガーラ”的秘宝这一传说。少女们、エリアス姐妹，还有与姐妹对立的黑妖精“ベルベラ”和偷猎者各自组队出海。 在“ゴーゴ”的引领下，“ニライカナイ”遗迹——一座金字塔从海中浮现。然而，那宝物……