清康熙年间，厄鲁特准格尔部葛尔丹汗叛乱，福建莆田九连山少林弟子郑君达率领128棍僧应募杀敌，大获全胜。康熙皇帝对僧兵重加赏赐，封郑君达为福建总兵，降将彭龙天也同时受封。彭龙天对郑君达等人心怀仇恨，因南少林与反清复明的红花会有一些关联，便屡次对其加以陷害。福建将军陈文耀此前曾举荐过南少林，担心受到牵连，也向朝廷上奏称郑君达等人谋反。康熙起初并不相信，但经过种种事情和几番周折后，还是下旨废寺。陈文耀等人奉命率兵围剿少林寺，初战失利。于是，他们请来了马宁儿。马宁儿原本是少林寺主持至善禅师的高徒，因嫉妒郑君达，单恋郑君达的未婚妻郭英娇，又不听劝告，最终触犯戒律被逐出少林。马宁儿怀恨在心，供出了少林寺地道的秘密。清兵采用火攻，炸毁地道，至善禅师等相继殉难，郑君达与五经首座等少林五僧侥幸逃生。他们在陈文耀女儿陈若连的帮助下，投奔红花会，然而此时的红花会因郑君达此前一直不肯背叛清廷，对他们失去了信任……