《星际迷航：航海家号》是《星际迷航》系列剧的第五部，剧情介于《星际迷航：深空九号》和《星际迷航：复仇女神》之间。星历48038.5（公元2371年），联邦星舰航海家号在凯瑟琳·珍妮薇舰长的指挥下启航，她接到的首个任务是寻找一艘在天棘区失踪的马奇游击队飞船。然而，航海家号与游击队一同被名为“守护者”的外星生命体传送到了银河系另一端的德尔塔象限。在此过程中，航海家号失去了部分船员，包括大副、舵手、轮机长以及所有医护人员。“守护者”死后，为防止贪婪的外星人占据传送阵列并进攻原本受“守护者”庇护的奥康帕人，珍妮薇舰长下令摧毁了传送阵列。 为了返回阿尔法象限，舰队军官和游击队通力合作，开启了七万光年、长达七十五年的回家之旅。马奇船的舰长查可泰成为了航海家号的大副，人类与克林贡混血儿贝拉娜·朵芮丝担任主轮机长。杜沃克卸下了潜藏在马奇船中的星际舰队间谍伪装，恢复了总安全官的职务。前囚犯汤姆·派瑞斯成为舵手，紧急医疗全息程序则成为主医官。在德尔塔象限，航海家号接纳了泰莱克斯人尼利克斯和他的奥康帕女友凯丝，他们作为本地向导和厨师登舰。第四季时，船员中又增加了一名从集合体中解放出来的博格个体九之七。 对于星际联邦而言，德尔塔象限是完全未知的领域。在回家途中，航海家号遭遇了一系列敌对种族，包括盗取器官的维汀人、好战的卡松人、游牧的希罗吉恩猎手、博格人以及来自液态空间的8472种族。同时，他们还遇到了许多危险的宇宙异象。