《黑狼行动之迷你侠》聚焦主人公阿强（张强饰）的励志历程。传说阿强出生时，小山村上空电闪雷鸣，这让阿强拥有了放电超能力，但也致使他身高永远不足一米。八岁时，阿强在艺校与阿娟（欧宇宁饰）相识，二人一同练舞，相互陪伴。然而，阿强进城发展后，这对青梅竹马就此分别。 后来，阿强所在的剧组被黑狼（时晓飞饰）设计破产，他开始四处漂泊。一次逃命时，阿强被伪装成道具师的特警教官三哥（张琼饰）搭救并收留。另一边，长大后的阿娟成为一名警察，奉命潜入黑狼身边，查找犯罪证据和病毒芯片。在黑狼投资的电影片场，阿强和阿娟意外重逢，阴差阳错间，储存着制作变异病毒方程式的芯片落入了不知情的阿强口袋。之后，阿娟和三哥的身份被黑狼识破，黑狼绑架阿娟，逼迫三哥交出病毒芯片。此时，医学博士已成功研发出初代病毒，三人陷入重重危机，命悬一线。