远古战斗结束后，战神始终默默守护着地球。地球人为此成立了保卫地球的秘密组织，对地球上的异常动态进行实时监控。当九星连珠、暗黑降临，虫洞即将开启之时，人类建造了盘古空间站，并在吉隆坡基地存放天空之匙，加强防护措施。此时，地球上开始出现各种变异现象，邪恶之源在全球范围内扩散。地球面临着毁灭性打击，灾难性的毁灭即将席卷全球，世界各地纷纷进入防恐阶段。中国启动了一项全球计划，培养了一批正义勇敢、身手矫健的少女机甲战士，随时准备保卫地球。而邪恶力量一直在暗中策划打开虫洞，迎接邪恶主宰降临地球。传送门外的外星博士在地球上培育了变异人，妄图通过他们控制其他地球人。