贝恩是群智鼠的首领，这批智鼠原本由青年威拉德训练，在训练期间表现得很听话。但随着时间过去，智鼠们不再听从威拉德的指令，威拉德为了掌控局势，竟打算用毒药将它们消灭。面对这一威胁，贝恩当机立断，带领群鼠发起攻击，把威拉德咬死了。贝恩极具灵性，它能精准指挥群鼠在超市和糖果店捣乱，还会对企图消灭它们的人类发动进攻。令人惊讶的是，贝恩能听懂人类语言，还会和友善的人建立友好关系。它和患有心脏病的少年丹尼成了好朋友，常一起在游戏室开心玩耍，夜晚还会相拥而眠，彼此感情深厚。 然而，人类社会无法接纳贝恩及其智鼠群体的存在。负责消灭这些智鼠的探长最终追踪到它们的藏身之处，一场激烈的人鼠大战即将爆发。这场对抗不仅关系到贝恩和群鼠的生死存亡，还考验着丹尼与贝恩之间的友谊能否经受住人类的攻击，以及智鼠能否逃脱被灭绝的命运……