在战斗的尾声，Gatchaman（健）、Tekkaman（城二）、Polimar（武士）、卡辛（铁也）四人成功取回自己的世界，并各自回到了原本所在之处。然而，为了达成某个目标，他们与笑一起再度跨越时空，降临到了同一个世界。 这个世界里，威胁和平的人类之敌“恶魔党”横行霸道，由Gatchaman率领的“科学忍者队”正与之持续战斗。但当他们对这个世界的状况感到不对劲时，一个男人现身了，他就是科学忍者队的创立者南部博士。南部对着本应相识的健露出怪异神情，还对英雄们说出了意外之言：“看来你们似乎是我的敌人”。 与此同时，还有一个身影一直在楼顶默默窥视着他们，此人正是曾与健一同对抗恶魔党的科学忍者队No.2，名为“神鹰乔”。四大英雄的全新激烈战斗即将在银幕上精彩上演！