在一个古今时间概念模糊的日本某地，大怪盗二十面相与名侦探明智小五郎展开了激烈的攻防较量。因明智小五郎对二十面相的追查，在其外出时，明智侦探事务所里副助手小林芳雄（小泽廉 饰）、仰慕明智的井上一郎（寺坂赖我 饰），还有总爱待在办公室的花崎卫矛（前田希美 饰）都不在。这时，一位母亲来到事务所，她是为了寻找失踪的女儿。小林本想因明智不在而拒绝委托，但被母亲悲痛的诉求打动，于是开始帮她寻找女儿……