21世纪初，人类因哥斯拉肆虐，仅让被选中的人搭乘恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往可移居的“约定之地·τ星e”，多数人留在被破坏的地球。然而移民计划失败，人类只得重返地球。但长距离亚空间航行引发时空歪曲，他们回到的是“两万年后的地球”。在这个地球上，主人公晴男等人一边遭受哥斯拉袭击，一边与埃克西弗、比尔沙尔德两个种族的异星人共同实施谋划了20年的“对哥斯拉战术”，经过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。可喜悦转瞬即逝，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身。这只两万年间持续成长生存、身高300米、质量超10万吨的超巨大哥斯拉破坏力惊人，晴男等人根本不是对手。拯救晴男的是被视为人类残存者的“弗图亚”之民——米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族，他们会是人类的子孙吗？ “弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”，面对这样的他们，晴男回应：“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官加尔格，发现弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”制造，十分欢喜。这种物质和21世纪他们在富士山麓开发的、启动前遭破坏的“对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉”的构成物质相同，这证明当时的开发设备至今仍然存在。