关东和关西在不为人知的情况下暗自展开霸权争夺，在这背后暗中活动的是忍者们。关西忍者的后裔一直持续对关东进行骚扰。就在这样的局势中，有四名转校生来到了东京的一所女子高中。而她们的真实身份，是为了守护东京而被派来的忍者后裔——JK忍者女孩们！