由“国家组织CIRS”新设立的特殊技能训练校“美滨学园”里，一群因各种缘由失去归宿的少女们被赋予了枪和实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、精通炸弹与信息处理的克莉丝，还有负责谍报活动的忍者邑沙季，她们身为SORD成员，每日都在处理警察和自卫队无法解决的事件，持续开展着危险行动。 K县U港发生了一起事件，准备入境的重要人士突然失踪。SORD成员着手调查这起失踪案，然而每次即将抓住消失的“目标”时，对方总会在最后关头逃脱。在此过程中，她们与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹先是并肩作战，而后又产生争执。此外，还有在夜晚城镇中飞驰的神秘女骑手“Soul Speed（灵魂速度）”·真纪的传闻。这场追踪最终演变成一场惨烈的死战，让众人身心俱疲。 而这一切，同时也是一段通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。