1949年，解放军和平解放新疆并成立新疆军区，甘祖昌出任后勤部副部长。彼时，敌特支持投机倒把分子在新疆扰乱物价，疯狂垄断黄金银圆，企图从经济上困住解放军。甘祖昌以低价将银圆投入流通市场，成功打击了奸商的嚣张气焰，稳定了市场和新疆政局。此后，敌特分子为报复甘祖昌制造车祸，致使他头部受重伤。1955年，甘祖昌被授予少将军衔，而和他同村且同时入伍的李保山仅被授予校衔。李保山因此对甘祖昌心怀嫉妒，后来因违纪被解职回乡。甘祖昌脑震荡后遗症愈发严重，自觉不再适合留在军队服务。而且回家后，他看到家乡虽已解放但生活依旧贫困，便主动申请辞职，解甲归田回到江西莲花县沿背村。回乡后，他不辞劳苦，持续为家乡经济建设贡献力量。他克服重重困难，修整水旱田、修建水库、创建公社农科所等，极大改善了农民生活。甘祖昌不贪恋高位，选择奉献，不贪图享受，甘愿奋斗，其精神成为领导干部的楷模和时代的先锋。