反恐特战队队长钟原在执行任务时成功击毙猛犸组织二号人物，这一行动引来了该组织的疯狂复仇。在解救妻子赵欣时，钟原不幸被注射病毒，痛苦不堪。与此同时，DK生物公司董事长江寒邀请赵欣及其父亲参与公司的“有益菌”研究项目。赵欣是生化专业高材生，也是钟原的初恋情人。钟原所在的反恐指挥中心接到T国请求后，决定派遣专家潜入DK公司展开调查。 赵欣在痛失爱子后主动申请“退出现役”，深入险地调查DK公司相关情况。随着一连串恐怖事件不断发生，一个名为“新纪元计划”的阴谋逐渐显露。尽管钟原饱受病痛折磨，但他依旧带领乔大鹏、麦萌萌等特战队员决定绝地反击。在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，他们成功挫败了恐怖组织的连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒利用“有益菌”制造病毒的真实图谋。