《入梦师：觉醒》围绕云梦泽、罗佳、顾又溪和陈北展开，采用三条故事线并行的叙事方式。主线是保安云梦泽进入罗佳的梦境，试图解开她深藏心底难以言说的心结；两条副线分别为罗佳苦苦寻觅亲密爱人陈北，以及云梦泽与神秘人在亲情和正义间展开正面对决。 云梦泽常被反复出现的噩梦困扰，原来他是早已消失的入梦族遗失的族人。影片以罗佳的视角，自述被“噩梦”纠缠的现实生活。云梦泽化身为“幻影猎人”，为解开罗佳的心结进入其梦境，却意外遇见了戴着面具的孪生哥哥——神秘人。