14岁少女苏菲放学后在邮箱发现一封神秘来信，信上只写了三个字“你是谁”，这让她陷入思考。第二天，她又收到第二封信，问题变成“世界从哪儿来”。一直过着平凡生活的苏菲开始认真思索这些在学校从未得到解答的问题。苏菲查到来信人是艾伯特，他在湖边有间小屋。在小狗引领下，苏菲前往小屋。途中，她遇见三剑客、弓箭手等神话或童话人物，还在小屋镜子里看到和自己一模一样的女孩，捡到一张要她转交给女孩席德的明信片，这一切都让她倍感奇怪。艾伯特出现后，带着苏菲从古希腊苏格拉底开始，穿越中世纪、文艺复兴时代直至现代，与历史人物平等对话，苏菲的哲学思维由此大开。然而，随着故事发展，苏菲越发意识到自己与席德关系紧密。另一边，14岁的席德正盼着父亲回家，父亲送给她的生日礼物是一本他自己撰写的哲学书。那么，苏菲与席德究竟是什么关系呢？