自那之后已过去5年，Amazon近乎被驱逐，世界渐趋和平。然而，被Amazon细胞感染的普通人不断Amazon化，且这一现象持续蔓延。为此，政府组建了新组织4C，秘密清除Amazon化的人类。 其中，少年千翼幼年时由Amazon养大，他变身为假面骑士Amazon Neo与Amazon作战。但在被与生俱来的吃人冲动所支配的他面前，出现了变身为乌鸦Amazon、作为生物兵器战斗的少女优。面对这样的优，他首次没有产生“想吃”的念头，还被她深深吸引。而优的真实身份是，被Amazon化的父亲杀害后，以Sigma型复活的Amazon。