季节更迭，第二个春天就要来临。身为劣等生的哥哥和身为优等生的妹妹，他们在魔法科高校的第一学年生活即将画上句号。达也和深雪趁着春假，前往小笠原诸岛的一座别墅度假。在这段短暂的休憩时光里，达也等人尽情放松身心。然而，一个名叫九亜的少女突然现身在他们眼前。这位从海军基地逃出来的少女向达也提出了一个请求……