经过长时间休养，治好眼伤的濑文焚流（加濑亮 饰）跟随当麻（户田惠梨香 饰）回到了久违的未详。然而此时，来自公安部公安五课的市柳（でんでん 饰）和吉川（北村一辉 饰）掌控着实权，这让濑文等人心里很不痛快。与此同时，在街头算命的觉被一个拥有瞬间移动能力的黑衣男子开枪射杀，一同遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。少女久远望（谷村美月 饰）的父母双双遇难，她作为幸存者还目睹了黑衣人的真实面貌，因此成了对方追杀的目标。为保护小望，未详的同仁们齐心协力，同时不断追查黑衣人的身份以及其背后的阴谋。在此过程中，当麻也展现出了她不为人知的SPEC。一场充满智谋与勇气的战斗就此打响……