千总大人雷一笑表面上是清廷命官，实际上是义和拳余孽雷飞。义和拳靠向东洋贩卖妇女的非法收入购置枪支弹药，与朝廷作对。朝廷在香港码头抓捕三名义和拳首脑，恰逢黄飞鸿在此准备坐船回广州，在他的帮助下，三名首脑全部落网。 黄飞鸿的宝芝林因徒弟众多、场地有限而显得狭小。他让梁宽和阿苏在省城找一处便宜房产开新馆。商人黄狮虎仰慕黄飞鸿的武功，将一座大院落低价租给他，黄飞鸿十分开心。然而宝芝林开业当天，他发现黄狮虎在隔壁开了家名为香芝馆的妓院，徒弟们无心练功，整天和隔壁姑娘眉目传情，黄飞鸿无奈决定另寻新址。 近日，很多孩子因服用国外公司的营养液失聪，黄飞鸿对此毫无办法。为了体验失聪过程、找到解药，他亲自尝试营养液，听力大不如前，这让他苦恼不已，也更坚定了找解药的决心。 四川的燕儿和父亲追踪义和拳两年来到广东，燕儿的妹妹被义和拳掳走。燕儿发现城外能仁寺的和尚形迹可疑，便和父亲潜入寺中，发现这里是义和拳的秘密据点，许多姑娘被关押在此。能仁寺主持是邪教成员，新上任的千总雷一笑也与他们勾结。准备离开时，雷一笑发现燕儿，抓住了她父亲，燕儿重伤逃脱。 燕儿想向黄飞鸿求助，却误闯香芝馆。为了立功得到黄飞鸿赏识成为其徒弟，黄狮虎在梁宽和阿苏劝说下到能仁寺一探究竟。他带着妹妹九姑娘等人假意上香，僧人让九姑娘住一晚求姻缘，深夜九姑娘被和尚掳走，梁宽等人不敌主持，幸好黄飞鸿及时赶到救出九姑娘。燕儿看到不知情的黄飞鸿和雷一笑谈论此事，认定黄飞鸿有问题，便救出父亲后离开。 黄飞鸿被雷一笑带到官府，能仁寺告状，被雷一笑买通的知府要收押他，多亏四大商会联保，黄飞鸿躲过牢狱之灾。庙会上，黄飞鸿的舞狮首次输给雷一笑带队的蜈蚣阵，这对他打击很大。官府不罢休，为不连累徒弟，黄飞鸿决定回佛山暂避并治疗耳聋。 在郊外，黄飞鸿遇到燕儿父女，在他们帮助下听力逐渐恢复。雷一笑得知黄飞鸿没离开，派人到燕儿家趁他耳聋灭口，但喽啰不是对手，很快被打败。身体恢复后，黄飞鸿决定回去救出被困妇女、主持公道。他观察蜈蚣的克星公鸡，自创一套拳法，用此拳法打败雷一笑和蜈蚣阵，捣毁邪教，成为当地佳话。