2065年，狮子座陨石撞击地球后，地球上出现了名为幽灵的生命形式。幽灵能穿越任何物理障碍，会主动攻击人类并吸收其灵魂，人类与之接触也会被感染。城市逐渐荒芜，人类只好移居到有屏障保护的几个“堡垒城市”，堡垒之外除幽灵外几乎没有其他生命。42号“堡垒城市”纽约城的生物中心指挥希德博士及其助手阿琪·罗斯博士致力于相关研究，他们觉得在堡垒外找到八个“灵魂”，就能得到与幽灵生物波相反的波形，发射此波便可消灭幽灵。而因幽灵杀害妻儿而痛恨幽灵的海因将军，坚持用宙斯炮攻击陨石。博士认为这样会伤害地球的灵魂“盖亚”。后来他们发现，这些幽灵其实是陨石所在行星毁灭后，行星上死去生物的灵魂，并非外星侵略者。然而海因将军的偏执使他陷入疯狂，他甚至亲手毁掉了纽约城。就在勇敢的上尉格雷和阿琪在陨石坑中找到第八个灵魂时，海因下达了宙斯炮对陨石坑的发射指令，导致地球的盖亚受损，外星盖亚迅速扩散。宙斯炮也因海因的疯狂频繁发射而过载损毁。最终，阿琪用残存在身体里的波长拯救了世界，净化了外星盖亚，但格雷作为净化导体被外星盖亚夺走了灵魂。地球上迎来新的一天，阿琪抱着逝去的爱人，望着希望的旭日缓缓升起。